Το «Β΄  Γυμνάσιον Ρεθύμνου» ιδρύεται το 1955 με το Βασιλικό Διάταγμα που εκδόθηκε στις 4-10-55 και δημοσιεύτηκε στις 8-10-1955  στο υπ’  αρ. 282 τεύχος Α΄ ΦΕΚ  το οποίο αφορά τη διαίρεση του Γυμνασίου Αρρένων Ρεθύμνης σε Αον και Βον οχτατάξιον Γυμνάσιον Αρρένων Ρεθύμνης. ​
Ως «εξατάξιον Β΄ Γυμνάσιον Αρρένων Ρεθύμνης» λειτουργεί από το σχολικό έτος 1958-59 ως το σχολικό έτος 1963-64.